Le territoire des Îles est compris dans la zone de la forêt boréale coniférienne, qui s'apparente à la forêt du Nord, où les conifères dominent.
Outre la présence de nombreuses variétés d'arbustes, de lichens, de champignons et de plantes herbacées, les forêts madeliniennes sont composées majoritairement du Sapin baumier et de l'Épinette noire. On y retrouve également l'Épinette blanche et quelques de feuillus : Bouleau blanc, Peuplier faux-tremble et Cerisier de Pennsylvanie. Les arbres rabougris, qui s'installent en périphérie des peuplements matures, constituent une barrière naturelle contre les effets du vent et des embruns salés.
Les peuplements forestiers des îles du Havre Aubert et du Cap aux Meules sont les plus denses et les plus diversifiés, représentant respectivement 45 % et 30 % du couvert forestier de l'archipel.
Le tableau ci-dessous présente les principaux types forestiers du territoire des îles de la Madeleine.
La forêt remplit des rôles extrêmement importants pour le maintien de l'équilibre des écosystèmes insulaires.
Alors que la forêt madelinienne a pu autrefois recouvrir abondamment les îles de l'archipel, elle s'étend aujourd'hui sur le quart de sa superficie totale. Plusieurs causes expliquent cette déforestation : le déboisement à des fins domestiques, l'expansion domiciliaire, la création de sentiers récréatifs, le déséquilibre entre l'exploitation et le rétablissement des ressources forestières et les conditions environnementales rudes (vents, insectes, rongeurs, maladies, verglas), d'où un renouvellement plus lent de la forêt.
Depuis 1988, un plan d'aménagement forestier a été élaboré par le ministère des Ressources naturelles et de la Faune du québec en collaboration avec la MRC des Îles-de-la-Madeleine, afin de favoriser le rétablissement et la protection du couvert forestier de l'archipel et de protéger les terres contre l'érosion des sols.
Concrètement, on a reboisé et entretenu les forêts, en plus de faciliter la prise en charge collective de la problématique en distribuant gratuitement des plants d'arbres aux citoyens.
Le couvert forestier est ainsi passé de 17 % du territoire en 1982 à 26 % en 2010.
La forêt abrite peu de mammifères terrestres comparativement aux autres régions du Québec. Les principales espèces indigènes sont le Renard roux, la Souris sylvestre, le Rat surmulot, le Campagnol des champs, la Souris commune et quelques espèces de chauves-souris. Par de rares occasions, on y observe aussi des coyotes. Le Lièvre d’Amérique fut introduit par l’homme au milieu des années 1900, puis à nouveau en 1994 à la suite d’une demande des chasseurs. Quelques Écureuils roux furent aussi introduits à l’automne 1975.
Par ailleurs, plusieurs espèces d’oiseaux habitent les forêts des Îles.
Consultez la page "Interprétation de la nature" pour en savoir plus sur les oiseaux qui fréquentent la forêt (cahier spécial sur les oiseaux)
attentionfragiles.org, site d'Attention FragÎles, mouvement pour la valorisation du patrimoine naturel madelinot.
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